Новодевичий монастырь
После смерти царя Феодора Иоанновича династия Рюриковичей прервалась. Необходимо собрать Земский Собор и организовать «всенародное избрание» нового царя. Народ, побуждаемый думным дьяком Андреем Щелкаловым и понукаемый приставами, призывает на царство боярина Бориса Годунова.
Коронация
Праздничный благовест сопровождает венчание в Успенском соборе Бориса Феодоровича на царство. Шуйский велит народу и боярам славить нового царя. Бориса мучают трагические предчувствия, мысленно он обращается к покойному царю Феодору Иоанновичу.
Келья в Чудовом монастыре
В двух шагах от Успенского собора, в кремлёвском Чудовом монастыре Пимен ведёт тайную летопись — донос на царя Бориса. Юродивый Григорий узнаёт от Пимена подробности смерти царевича Димитрия, младшего сына Иоанна Грозного, убитого в Угличе по приказу Годунова. Ведь в день гибели царевича Пимен находился в Угличе, куда «на некое был услан послушанье». Пимен благословляет Григория на продолжение своего дела.
Корчма на литовской границе
Григорий бежал из Москвы, чтобы под именем царевича Димитрия собрать в Литве войско и свергнуть Бориса. Вместе с двумя бродягами — монахами Варлаамом и Мисаилом — он оказывается в приграничной корчме. Являются приставы с указом царя Бориса о розыске и поимке беглеца. Григорию чудом удаётся спастись.
Царский терем в Московском Кремле
Царевна Ксения оплакивает умершего жениха Ивана-королевича, царевич Феодор занят изучением отцовского царства. Борис с горечью подводит итог шести годам своего правления. Князь Василий Шуйский приносит весть о Самозванце, явившемся в Литве под именем царевича Димитрия. Борис в который раз просит Шуйского, ездившего в Углич расследовать обстоятельства гибели царевича, подтвердить, что убит был действительно Димитрий. Под влиянием рассказа Шуйского Борису мерещится призрак царевича.
Замок Мнишека в Сандомире
Марина Мнишек, дочь польского воеводы, мечтает о московском престоле. Ради этого иезуит Рангони толкает её на союз с Юродивым-самозванцем. Он устраивает Григорию свидание с Мариной. Поляки предвкушают перспективы воцарения Марины. Рангони оценивает, какая доля власти достанется ему, когда два его ставленника станут царствовать.
Площадь перед собором Василия Блаженного
В Москве распространяются слухи о приближении Самозванца и скором падении Бориса. Опередив войско, юродивый Григорий приходит в Москву, чтобы, будучи неузнанным, встретиться с Борисом и напомнить ему об убийстве Димитрия.
Грановитая палата в Московском Кремле
Бояре принимают указ о поимке и казни Самозванца. Шуйский сообщает им о недуге царя. Появляется сам Борис, которому вновь мерещится призрак Димитрия. Едва царь приходит в себя, Шуйский вводит Пимена, и тот рассказывает легенду о чудесах, происходящих на могилке царевича. Напоминание об убийстве вызывает у царя новый припадок. Борис умирает, передавая власть сыну Феодору.
Действие происходит между 20 февраля 1598 года и 13 апреля 1605 года.